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Das Betriebssystem TOS läßt sich in verschiedene Bereiche unterteilen. Die Kommunikation mit den Benutzern wird über das GEM realisiert, welches ein komfortables User-Interface zur Verfügung stellt, und sich aus AES und VDI Funktionen zusammensetzt.

Darüber hinaus stehen viele weitere Routinen zur Verfügung, die sich einer der folgenden Kategorien zuteilen lassen:

Das TOS gibt es bereits seit dem Jahre 1985. Es wurde im Laufe der Zeit von Atari weiterentwickelt und steht für verschiedene Rechnermodelle (ST, STE, Mega-ST, TT, Falcon, ...) zur Verfügung. Darüber hinaus gibt es von Fremdanbietern weitgehend TOS-kompatible Systeme. Erwähnenswert sind in diesem Zusammenhang vor allem Magic und Geneva. Während MagiC vor allem in Deutschland eine große Bedeutung gewonnen hat, scheint sich Geneva in den USA einer gewissen Beliebtheit zu erfreuen. Dank MagiCMac, einer Implementierung von MagiC auf die Hardware des Apple (Power) Macintosh, laufen TOS-Programme mittlerweile auch auf Computern der Firma Apple. Es wurde inzwischen ist sogar eine PC-Portierung realsisiert werden und mit MagicPC kann auch auf Windowsrechnern die entsprechende Software genutzt werden. Seit 2007 hat ASH auch Magic für das X-OS von Apple angepasst und so ist auch ein betrieb auf OSX mit MagicMacX möglich.